Kisah berpusat kepada Gabimaru, seorang pembunuh berdarah dingin yang berasal dari desa Iwagakure. Suatu hari, ia berkhianat dan membuatnya mendapatkan hukuman mati. Namun, berbagai cara telah dilakukan guna membunuh Gabimaru, sayang semuanya menjadi sia-sia saja.

Untuk menebus kesalahannya, Gabimaru diberikan misi guna mencari ramuan abadi di sebuah pulau misterius, tepatnya di selatan Jepang. Ia pun menjalankan misi khusus tersebut dengan timnya.

Sagiri Yamada, wanita yang menemani Gabimaru mengatakan bahwa pulau tersebut sangatlah berbahaya. Sehingga, tidak ada orang yang berhasil selamat. Walau begitu, Gabimaru dengan tekadnya yang kuat memutuskan untuk menerima misi tersebut.

Yuuen Usui, seorang ahli atau master dalam hal membunuh  tengah melakukan penyelidikan terhadap pembunuhan yang korbannya merupakan klan samurai berpengaruh bernama Satsuma. Dalam penyelidikan tersebut, ia bertemu dengan Raizou Kurima, salah satu anggota dari klan Satsuma yang selamat.

Setelah bertemu dengan Kurima, Usui mengajaknya untuk memecahkan masalah yang terjadi dalam penyerangan tersebut. Berbekal petunjuk yang telah, mereka mengetahui bahwa kasus tersebut lebih besar ketimbang apa yang diketahui oleh banyak orang.

Kini, perlahan tapi pasti, Usui dan Kurima mulai mengetahui kebenaran di balik kejadian tersebut.

Anime Ajin menceritakan seorang pemuda bernama Nagai Kei. Setelah kecelakaan yang terjadi padanya, ia menyadari ternyata dirinya adalah seorang “Ajin”. Sebutan “Ajin” adalah sebutan untuk orang yang tak bisa mati. Sebagai seorang Ajin, kini dia menjadi buronan karena Ajin dianggap sebagai kejahatan yang tinggi. Satu-satunya orang yang ada untuk mendukungnya ialah sahabatnya, Kaito.

Tonton juga kelanjutannya disini, Ajin Season 2.