Seri ini bercerita mengenai sekelompok anak SMA terdiri dari 5 orang yang hidup biasa di kehidupan sehari-hari. Si imut namun pendiam, Tsumiki Miniwa, Hime Haruno, peneliti gila Mayoi Katase, Io Otonashi, dan Sakaki Inui.

Setiap halaman dan episode menunjukan kehidupan dan aktifitas masing-masing karakter, terkadang membuat hal yang mengagumkan. Cerita berpusat pada Tsumiki dan Io, karakter utama seri ini. Tsumiki yang serius dan Io yang baik hati tidak pernah ingin terpisah, namun mereka belum menjadi pasangan. Yah, lebih dari teman, namun bukan pacar. Mereka terlibat percintaan yang canggung.

Hubungan antara Tsumiki dan Io, yang seringkali diganggu dan oleh teman-teman lainnya. Segala macam kelakuan imut dan menggemaskan tidak akan muncul kalo karakter-karakter utamanya gak dirancang demikian. Kekuatan anime ini memang terletak di karakternya.

Pertama, heroine utama, Miniwa Tsumiki. Cewek bertubuh kecil, tergolong sangat kecil untuk orang seusianya. dia juga mimiliki tipikal loli dan tsundere-tsundere.

Otonashi Io, seorang bishounen berkacamata yang gentleman, pujaan hati Tsumiki. Punya karisma alamiah untuk menarik banyak wanita dan kucing-kucing, dan sekaligus berbakat dalam berbagai macam hal dan teman teman lainnya. Dari sinilah cerita kehidupan mereka dimulai

April 1889, Earl Ciel Phantomhive bersama dengan pelayannya yaitu Sebastian Michaelis dan Snake, mereka berlayar menggunakan kapal mewah Campania bertujuan untuk menyelidiki eksperimen-eksperimen ilegal pada manusia yang kemudian diperlihatkan saat pertemuan Aurora Society. Tak lama setelah itu, hal yang diluar dugaan. Orang-orang yang sebelumnya seharusnya sudah mati, namun tiba-tiba hidup kembali dan menyerang mereka.

Kabar mengenai eksperimen dan kejadian membangkitkan manusia yang telah mati menjadi pusat perhatian utama bagi Earl Ciel Phantomhive, setelah kabar tersebut beredar ditelinga masyarakat. Sesaat sebelum kabar yang belum pasti itu sampai ke diketahui oleh Ciel, dia dan pelayan terbaiknya tersebut, yaitu Sebastian, ia pun memesan sebuah kapal mewah untuk menyelidiki kasus yang ajaib ini dan juga “Asosiasi Aurora” yang telah diduga melakukan eksperimen tentang menghidupkan kembali orang yang telah mati tersebut.

Disaat Ombak laut menghancurkan kapal mereka, sekelompok makhluk misterius datang berkumpul dan mereka mengatasnamakan “Phoenix”. Padahal Ciel dan Sebastian mungkin saja hampir melangkah mendekati kebenarannya, tapi apa mereka mungkin telah ditakdirkan untuk menyelidiki sesuatu yang bisa saja berubah menjadi sebuah peti yang mengambang…?